沉睡在秋叶原美少女游戏店地下的少女是二次世界大战期间创造出来的「人型武器」。出现在从休眠模式中清醒的少女眼前的是「超级御宅族」澄哉！沉迷在美少女世界的澄哉将少女取名为「桃桃」。一心将桃桃改变为魔法少女的澄哉，对不知世事的桃桃展开了「魔法少女调教课程」？在这没有战争的和平世界里，无名的「人型武器」会被成功改造为「魔法少女」桃桃吗？